Nacque a Bologna il 28 dicembre 1531 da Francesco e Ginevra Paltroni, di famiglia nobile e senatoria.
Era cugino del futuro arcivescovo di Bologna e cardinale Gabriele Paleotti. Un suo fratello, Nicolò, morì a Nicosia combattendo contro i turchi.

Nel 1557 si addottorò in diritto civile e canonico all’Università di Bologna dove, nel 1578, conseguì anche la laurea in teologia.
Per due anni, dal 1557 al 1559, insegnò istituzioni di diritto canonico allo studio bolognese.

Si recò in seguito a Roma col fine di entrare negli uffici di curia, mirando in particolare all’incarico di uditore di Rota senza però riuscire a conseguirlo.
Rimase a Roma per curare gli interessi della diocesi bolognese. In seguito a una grave malattia si avvicinò al circolo di Filippo Neri alla Vallicella. Influenza su di lui ebbe, in numerose occasioni, il «visionario» Giovanni Francesco Parenti da Bolsena, da lui detto «il Vidente».
Compose numerosi scritti mistici, nei quali si integrano anche le rivelazioni celesti ricevute dal Parenti. Proprio su ispirazione del Parenti decise di prendere gli ordini sacri e il 13 dicembre 1571 fu ordinato sacerdote in S. Giovanni in Laterano.
La sua vocazione spirituale lo portò a occuparsi con minor cura delle questioni della Chiesa bolognese a Roma, con qualche dispiacere del cardinal Gabriele Paleotti, che se ne dolse con lo stesso Neri (Prodi, 1967, p. 66).

Il 5 marzo del 1573 gli fu conferito da Gabriele Paleotti, anche per il desiderio di allontanarlo da Roma e dal suo ambiente misticheggiante, un canonicato nella cattedrale di Bologna, dove da allora visse stabilmente.
Nel 1585 divenne arcidiacono della Metropolitana.
Fu vicario della curia arcivescovile per il S. Uffizio.
In costante relazione epistolare con Carlo Borromeo, rimase sempre legato a una spiritualità oratoriana.
Ebbe la tendenza a esagerare la sua devozione tanto da essere invitato alla moderazione e alla cautela dal gesuita Francesco Palmio, suo padre spirituale.
Nella stessa famiglia del cardinale Paleotti non mancarono episodi di insofferenza verso il suo misticismo.

Questi gli lasciò, a poco a poco, sempre maggiori responsabilità nella guida della diocesi.
Dopo che Sisto V ebbe respinto la proposta, Gregorio XIV, in conseguenza del protrarsi dell’assenza da Bologna di Paleotti, gli conferì nel febbraio 1591 il titolo di arcivescovo di Corinto e lo nominò coadiutore con diritto di successione del cardinal Paleotti.
Alla nomina non fu estraneo il sostegno di Filippo Neri.
Venne consacrato vescovo a Ferrara il 24 febbraio 1591.
Nel 1595 diede nuove Ordinationi generali a tutti gli ospedali della città e della diocesi, e nel 1596 intervenne nell’organizzazione della diocesi aumentando a sedici il numero dei vicari foranei e attribuì loro piena autorità di controllo sui pievani, segnando così la fine del tentativo di restituire rilievo e autonomia alle pievi.

Alla morte del cardinal Paleotti, avvenuta a Roma il 22 luglio 1597, gli successe prendendo possesso della diocesi il 27 luglio.

Nel 1598 compose un memoriale sullo stato della Chiesa Bolognese in occasione del passaggio in città del pontefice Clemente VIII per il recupero di Ferrara allo Stato pontificio.

La sua opera più famosa è un trattato sulla sindone del 1598 (Esplicatione del lenzuolo ove fu involto il Signore) che fece seguito a un viaggio compiuto a Torino assieme a Gabriele Paleotti e a Carlo Borromeo.
Il testo, composto in un clima di acceso misticismo, dopo la prima edizione del 1598 fu prontamente rivisto dal S. Uffizio, che ne operò una sostanziale espurgazione, tradottasi nella seconda edizione del 1599.
La preoccupazione degli inquisitori era di non far emergere una concezione delle piaghe di Cristo diversa da quella attestata dalla tradizione. Se si vuole cercare il genuino pensiero di Alfonso ci si deve rivolgere, quindi, alla prima edizione del 1598.

Avviò lavori di ampliamento della cattedrale di S. Pietro in Bologna, sotto la supervisione dell’architetto Pietro Fiorini, che però ebbero un esito infausto, con il crollo di parte della struttura nel 1599. Si impegnò allora per la ricostruzione dell’edificio, di cui pose la prima pietra il 25 marzo 1605.

Inaugurò una casa per le povere donne malmaritate, sostenne l’opera dei Mendicanti e ne consacrò la nuova chiesa edificata nei pressi di porta San Vitale.

Fu fervente nel promuovere a Bologna la presenza degli ordini regolari.
Nel 1593 consacrò la chiesa dei padri cappuccini, nel 1597 ebbe luogo l’ingresso in diocesi dei padri camilliani; nel 1599 seguì quello dei canonici regolari teatini, cui affidò la chiesa di S. Bartolomeo.
Assegnò la chiesa di S. Michele Arcangelo del Ponticello ai padri Barnabiti e, nel 1601, concesse ai frati minori osservanti riformati la chiesa e il monastero di S. Paolo in Monte (Osservanza). Nel 1603 incoronò l’immagine della Beata Vergine di S. Luca.

Nel 1604 il papa ridefinì i rapporti, conflittuali sin dall’epoca di Gabriele Paleotti, tra la chiesa di Bologna e quella di Ravenna, confermò l’erezione di Bologna a sede archiepiscopale e le attribuì come suffraganea la diocesi di Borgo San Donnino, ma restituì a Ravenna quelle di Imola e di Cervia.

Nel 1605 Alfonso tenne un concilio provinciale e convocò sinodi diocesani nel 1599, 1600, 1601, 1602, 1603, 1609, 1610.
Fu assiduo nello svolgimento delle visite pastorali.
Non ebbe però l’energia per continuare con rigore l’opera di riforma del cardinale Gabriele Paleotti.
Non ricevette mai il cappello cardinalizio, contrariamente alla tradizione della sede bolognese.

Morì il 18 ottobre 1610 e fu sepolto in cattedrale.

(Dallo storico "Pasquale Alidosi" (1621) - abbiamo queste informazioni)
Nota importante: Essendo tratto da un libro antico con la scrittura originale ogni lettera " f " in corpo di parola si deve intendere come una lettera, a volte anche la prima lettera.
Ho ritenuro importante di lasciare il testo originale per dare conoscenza ai posteri delle scritture di un tempo.


ALFONSO di Francefco Paleotti,

effendo Arcidiacono della Chiefa di Bologna, fù fatto Arciuefcouo di Corinto aì 13 di Febraro dell’anno 1591.
Et poi Coadiutore con futura fucceffione del Cardinale Paleotti nell’Arciufcouato di Bologna l’anno 1591 alli 21 di Marzo andò a Ferrara, doue alli 24 fù confacrato da Monfignor Giouanni Fontana Vefcouo di quella Città, alla prefenza di Monfignor Gafparo Silingardi Vefcouo di Ripa Trafona.

E del 1597 a’ 22 di Luglio, fucceffe nell’Arciuefcouato per morte di detto Cardinale, & n’ebbe il pofeffo alli 27.
Dal papa gli fù mandato il Palio Archiepifcopale, & alli 8 di Settembre con folennità gli fù dato nella fua Chiefa da Monfignor Lodouico Bentiuogli, alla prefenza del Vicelegato, Magiftrati, Reggimento, & vi fù fatto vuna belliffima oratione dal R.P. Raffaelle Argentini da Bologna, dell’ordine di S. Francefco di Zoccolanti.

Il Papa lo dichiarò poi affiftente nelle Capelle Pontificie.
Del 1601 al primo d’Aprile confacrò il Vicelegato Spinola, Arciufcouo di Genoua. pofe nelli fondamenti della fua Chiefa nuova Archiepifcop.

Vna pietra con quefte lettere: “AlpPaleotus Bonon. Archiep. Princeps Metropoli. Aede augustam, ac prope dirutamin in ampliorem à fundamentis redacturus primum hunc lapidem folmniter pofuit, an fal M.DC.V. die Annuntiationis B.M.V. per mortem Clem.VIII. vacante Sede Rom.”

 Et alcune Medaglie di metallo, che da vuna parte hanno: “Akphonfus Paleottus Archiepifc. Bonon. Facri Romanae Impery Princeps”

Nel rouerfcio d’alcune d’effe è l’Imagine della Beata Maria Vergine col fuo figliuolo in braccio, che d’intorno hanno quefte lettere: “Fundanos inpace M.DC.V” In altre è l’Imagine di S. Pietro con lettere: “ Super hanc petram M.DC.V.”

E in alcune vi è l’Arma d’effo Arciuefcouo con la Croce Archiepifcopale, fopra con lettere che dicono: “Anno gratia M.DC.V.”

Eit in altre: “D.Petro Apoftolo dicatum hoc templum prae Bonon. Civis amplitudine augustum, ac femicollapfum à fundam eutis ampliauit anno fal, M.DC.V. poft Clem.VIII. Sede Romana vacante.”

Nel fuo tempo fù eretta vuna cafa per puere mal Maritate nella via delle Lame preffo al Monafterio delle Conuertite doue fono quefte lettere: “Male nuptarum Domicilium ab Alphonfo Paleoto Archiepifc. Bonon".

II. Sacra Virgine fauente erectum M.DC.VI.”

Morì l’anno 1610 a’ 18 d’Ottobre e fu fepolto nella fua Chiefa nella Capella del Crocificco in confeffio, effendo d’età d’anni fettantanove, e medi noue, & giorni venti, fù poi trasferito nella Capella de’ Paleotti, nella Chiefa Superiore à mando deftra dell’Altare Maggiore.